新疆锦棉种业有限责任公司是按照种子产业育、繁、推一体化，产、供、销一条龙发展战略组建的兵团农业产业化重点龙头企业。
新疆锦棉种业有限责任公司地处天山北坡经济带的奎屯市，2003年1O月13日注册成立，是农七师国有资产经营公司控股的国有种子企业，公司成立八年来坚持以建立现代种子产业化龙头上市企业为目标，坚持以“内抓管理降成本，外创市场增效益”为指导思想，继续实施“稳定早熟棉，突破杂交棉，调整粮、饲、经，延长产业链”20字方针，围绕全疆及七师种植业结构调整和加强农业科技自主创新为主线，以拥有锦棉种业公司自主知识产权的品种为突破口，以加快优质专用各类农作物品种的引进、筛选、审定、繁育、推广为重点，进一步完善全师统一供种体系和市场对外销售，在建立健全科研、良繁、加工、销售四大体系的基础上，形成了以种子生产、加工、经营为主业，以农业生产良繁、棉花加工、微晶纤维素加工、农资连锁经营为辅业的发展格局。近年来，新疆锦棉种业公司不断扩大现有产业链的规模和效益，创新企业改制，实施资本运作，实现全力以赴奔市场，发展壮大公司，做大做强锦棉种业的目标，把新疆锦棉种业公司建成的现代种子产业化龙头上市企业。
新疆锦棉种业公司已建立健全科研、良繁、加工、销售四大体系，投资101万元建立了锦棉种业科技示范园区研发中心；投资2016万元新建两座籽棉及种子加工一体化的高标准加工厂；在疆内建立了7.6万亩棉花、小麦、玉米、番茄、甜菜等农作物种子扩繁基地；公司先后荣获“新疆着名商标”、“自治区种子质量信得过企业”、“兵团农业产业化重点龙头企业”、“伊犁商标”、“伊犁州、奎屯市守合同重信用企业”、农行“三A”级信用企业荣誉称号。2004年8月企业通过IS09001：2008质量管理体系认证。